Il percorso a Ithaka è suddivisibile in tre fasi (di conoscenza, di costruzione e di consolidamento) che caratterizzano la gradualità del percorso di ogni singolo giovane collocato. La cornice iniziale strutturante entro cui stabilire gli obiettivi è data da un periodo di conoscenza, dalla creazione di un senso di appartenenza e dal rispetto di regole condivise. Nella fase di costruzione si lavora sul ripristino dei ritmi quotidiani, il sostegno e l’accompagnamento si focalizzano sulla sperimentazione e sulla realizzazione di attività socio-relazionali, formative/lavorative e occupazionali. La fase di consolidamento si riferisce agli interventi educativi e di sostegno al minore e alle famiglie che mirano a concretizzare il rientro in famiglia o la soluzione abitativa autonoma. Viene sperimentata l’autonomia del giovane e la capacità di mantenere una attività occupazionale e formativa/lavorativa.